Instytut jest spadkobiercą dorobku naukowego i intelektualnego Zakładu Fizjologii Roślin Polskiej Akademii Nauk w Krakowie, który został powołany 15 listopada 1956 roku, uchwałą nr 89/56 Sekretariatu Naukowego PAN z dnia 27 listopada 1956 r., jako placówka naukowo-badawcza przy Wydziale V Nauk Rolniczych i Leśnych PAN.
Zgodnie ze statutem badania Zakładu zostały ukierunkowane na problematykę naukową z zakresu fizjologii roślin, ze szczególnym uwzględnieniem roślin uprawnych.
Organizację i kierownictwo Zakładu powierzono wybitnemu specjaliście z zakresu fizjologii roślin Prof. dr hab. Franciszkowi Górskiemu, który do przejścia na emeryturę, przez 12 lat kierował Zakładem.
Decyzją No 11/90 Vice-Przewodniczącego Prezydium PAN z 12 kwietnia 1990 Zakładowi nadano imię Franciszka Górskiego dla upamiętnienia osiągnięć naukowych i organizacyjnych Profesora, założyciela krakowskiej szkoły fotobiologicznej, kontynuowanej przez Jego następców.
Zakład Fizjologii Roślin im. Franciszka Górskiego Polskiej Akademii Nauk, decyzją Nr 18/03 Prezesa Polskiej Akademii Nauk z dnia 23 czerwca 2003 r., uległ likwidacji z dniem 30.06.2003 r. - a z dniem 1.07.2003 r. został utworzony Instytut Fizjologii Roślin im. Franciszka Górskiego Polskiej Akademii Nauk.
Instytut przejął majątek ruchomy, prawa i obowiązki oraz należności i zobowiązania zlikwidowanego Zakładu.
Dyrektorzy Zakładu/Instytutu:
- Prof. dr hab. Franciszek Górski (od 1956 do 1968 r.)
- Prof. dr Adam Markowski (od 1968 do 1976 r.)
- Prof. dr hab. Włodzimierz Starzecki (od 1976 do 1995 r.)
- Prof. dr hab. Marian Czarnowski (od 1995 do 2000 r.)
- Prof. dr hab. Franciszek Dubert (od 2000 do 2012 r.)
- Prof. dr hab. Jolanta Biesaga-Kościelniak (od 2012 do 2016 r.)
- Prof. dr hab. Zbigniew Miszalski (od 2017 do 2020 r.)
- Prof. dr hab. Franciszek Janowiak (od 2021 r.)
Przewodniczący Rady Naukowej:
- Prof. dr hab. Franciszek Górski, członek rzecz. PAN (od 1968-1981 r.)
- Prof. dr hab. Jan Zurzycki, członek rzecz. PAN (od 1982 do 1984 r.)
- Prof. dr hab. Emil Nalborczyk, członek koresp. PAN (od 1984 do 2006 r.)
- Prof. dr hab. Stanisław Rożek (od 2007 r. do 2015 r.)
- Prof. dr hab. Barbara Godzik (od 2015 r.do 2022 r.)
- Prof. dr hab. inż. Marcin Rapacz (od 2023 r.)
